Таможенный пост «Аэропорт Мурманск» как структурное подразделение Мурманской таможни и самостоятельный таможенный орган был учреждён 10 июля 1989 года. До этого времени в аэропорт периодически приезжали таможенники из Мурманска для оформления международных авиарейсов и экспортно-импортных товаров. Первым начальником таможенного поста на воздушной границе Кольского полуострова был назначен один из опытнейших сотрудников Болдырев Иван Тихонович, в подчинении у которого находилось всего три инспектора.

Поначалу международных авиарейсов было немного. В основном это были полеты на Шпицберген с работающими там и возвращающими обратно на материк шахтёрами, а также рейсы небольших частных самолетов бизнес-авиации. Из грузов тех лет примечателен один – живые цветы. Этот нежный и красивый товар прибывал на Кольский полуостров из Голландии самолётом раз в неделю, и оформлялся в таможенном отношении на таможенном посту аэропорта «Мурманск».

В зону деятельности таможенного поста также входили военные аэродромы, куда таможенные инспекторы выезжали для оформления военно-транспортной авиации.

Постепенно расширялась и география международных перелетов, куда входили регулярные рейсы в соседние Норвегию, Швецию, Финляндию, чартерные туристические рейсы в направлении популярных южных стран и бизнес рейсы в Аргентину, Лондон, Португалию.

Первыми встречают таможенные инспекторы поста Аэропорт Мурманск не только туристов и бизнесменов, но и высоких зарубежных гостей – коронованных особ и политических деятелей.

В настоящее время на таможенном посту аэропорта «Мурманск» функционирует система «зеленого» и «красного» коридоров, организован радиационный контроль, в зоне вылета работает магазин беспошлинной торговли. Нередко в таможенном контроле участвуют штатные таможенные кинологи, их четвероногие «напарники» существенно помогают в досмотре багажа пассажиров международных рейсов.

В компетенцию таможенного поста входит осуществление правоохранительной деятельности. За тридцать лет на таможенном посту было выявлено немало случаев незаконного перемещения через границу различных товаров, в том числе иностранной валюты, наркотиков, газового, холодного и стрелкового оружия. Встречались и экзотические предметы правонарушений – змеи в банках с жидкостью, чучело черепахи.

В течение первого полугодия 2019 года на таможенном посту Аэропорт Мурманск оформлено 130 международных авиарейсов, порядка 10 тысяч пассажиров и членов экипажей воздушных судов, выявлено 23 административных правонарушения.